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2100 Jahre Geschichte hat das Quartier, das heute zwischen Pharmazentrum und Wohnen oszilliert. In der Vergangenheit wurde das heutige St. Johann sogar niedergebrannt.
Sie waren nicht die Ersten, die auf dem Gebiet des heutigen Basels siedelten. Diese Ehre gebührt den Kelten am anderen Rheinufer. Doch die keltische Siedlung auf dem Gebiet der alten Gasfabrik an der Voltastrasse ist einer Ursprünge Basels.
Im Gegensatz zum «Oppidum» auf dem Münsterhügel mit seiner mehrere Meter dicken Mauer siedelten zwischen 150 und 80 vor Christus die Kelten hier in einer unbefestigten Grosssiedlung, die hier – auf dem heutigen Novartis-Campus der Novartis – von landwirtschaftlichen Flächen umgeben war.
Im Mittelalter lag das Gebiet des heutigen St. Johanns ausserhalb der Stadtmauern. Das mussten die Bewohner der unbefestigten Vorstadt zu ihrem Leidwesen erfahren, als Rudolf IV. von Habsburg und Bischof Heinrich III. von Neuenburg 1272 ihren Streit um Gebiete im Schwarzwald und im Elsass austrugen.
Der Bischof liess den Grafen nicht in die Stadt und schloss die Tore. Der Aargauer mit Grossmachtsfantasien liess seine – teilweise aus Zürchern bestehenden – Truppen, darauf das heutige St. Johann niederbrennen.
Dort entstand in jener Zeit auch eine Kommende jenes Hospitallerordens, der sich Johanniterorden nannte. Die Mönche, die sich dem Schutz der Pilger und der Pflege Kranker verschrieben hatten, erweiterten ihren Standort im Laufe der Jahrhunderte.
Schliesslich wurde die Niederlassung in die neue Stadtmauer einbezogen, direkt neben ihr kam das St. Johanns-Tor zu stehen. Das letzte Überbleibsel des Kreuzritter- und Hospitallerordens war ein Ritterhaus, das in den 1920er Jahren abgerissen wurde. Das Quartier heisst aber bis heute noch nach ihnen.
Die Geschichte des modernen St. Johann beginnt, wie jene der meisten heutigen Quartiere, mit der Schleifung der Stadtmauern. Die ersten Wohnhäuser zwischen St. Johannsring und Voltastrasse entstanden ab 1870 bis 1900.
Gleichzeitig hielt die Industrie auf dem Lysbüchelareal Einzug und vor allem mit dem Bau des ersten modernen Basler Rheinhafens 1906. Ebenfalls in jenen Jahren entstand auf der «Friedmatt» die psychiatrische Klinik. 1868 wurde der Kannenfeld-Friedhof eingerichtet, der bis zu seiner Umwandlung in einen Park 1951 betrieben wurde.
Das St. Johann wurde nicht grossräumig als Quartier geplant, die Siedlungen und die Industrie entstanden Stück für Stück und fügten sich allmählich wie ein Puzzle zusammen. Die, beispielsweise für das Gundeli prägenden, einheitlichen Häuserzeilen fehlen nahezu gänzlich.
Nur die klare Trennung in Industrie auf dem unteren Rheinplateau und im Nordzipfel, und der Wohnnutzung auf dem oberen Plateau und im südlichen Quartierteil wurde bis zum Zweiten Weltkrieg strikte eingehalten.
Nach dem Krieg, mit der Verlegung des Flughafens an den heutigen Standort entstand eine der prägenden Achsen des Quartiers, die Flughafenstrasse. In den 1970er-Jahren erfuhr der untere Quartierteil eine massive Wandlung: Es entstanden Betonhäuser mit kleinen Wohnungen, die die alte Bausubstanz ersetzten.
Die Industrie im Quartier unterlag ebenfalls starkem Wandel. Der Rheinhafen St. Johann, immerhin der Heimathafen der Schweizer Hochseeflotte, wurde ab 2010 zurückgebaut und machte dem Novartis Campus Platz. Dieser erstreckt sich auch über das Gelände der alten Gasfabrik, und somit der Keltensiedlung.
Doch den grössten Wandel machte die Industrie selbst durch, von der Produktion hin zur Forschung. Auf dem Campus der Novartis stehen heute keine Fabriken mehr, sondern Labors.
Und mit diesen Umwälzungen hat sich auch die Bevölkerung im St. Johann verändert: Auf die Arbeiter folgten die Studenten, die Gastarbeiter und die Familien. Das macht das St. Johann zu einem der am buntesten durchmischten Quartiere der Stadt.