Die Stadttöchterschule öffnete am 4. Januar 1813 ihre Tore. Zum Jubiläum veranstaltete das Gymnasium Leonhard eine Eröffnungsfeier; begangen werden soll dieses aber während des ganzen Jahres. Die Stadttöchterschule sei der erste Schritt auf dem langen Weg zu gleichen Bildungschancen von Mann und Frau gewesen, sagte Rektor Roger Morger.

Initiiert worden war die Stadttöchterschule von der Gesellschaft für das Gute und Gemeinnützige (GGG). Eltern mussten für den Schulbesuch ihrer Töchter 52 Batzen im Monat bezahlen, was dem Lohn von zweieinhalb Arbeitstagen eines Arbeiters entsprach. Das nur für Buben zugängliche Gymnasium kostete derweil 20 Batzen.

Zuerst besuchten nur 36 Mädchen die neue Schule. Das war damals eine absolute Minderheit, wie Morger vor den Medien erklärte. Doch die Schule wuchs stetig. Zuerst gabs mehrere Klassenstufen und ab 1880 eine Obere und eine Untere Töchterschule. 1884 zog die Institution in ein Schulhaus am Kohlenberg, wo sich heute das Gymnasium Leonhard befindet.

1899 wurde die erste Maturandinnenabteilung geschaffen. Dies war gleichzeitig die Geburtsstunde des ersten Mädchengymnasiums in Basel - notabene neun Jahre, nachdem die Universität Basel auch für Frauen zugänglich geworden war.